O Núcleo de Ensino e Pesquisa (NEP) foi criado em maio de 2014 com o objetivo de coordenar, planejar, operacionalizar e avaliar as atividades de ensino, pesquisa e extensão desenvolvidas em todas as áreas do Hospital do Rim. Além de fortalecer a imagem do hospital, credenciado pelo MEC como hospital de ensino, como uma instituição geradora e difusora de conhecimento, com foco no transplante.
De 1998 a 2019 foram recebidos 2.077 médicos para o programa de estágio em transplante renal, sendo 1.961 do Brasil, 84 médicos provenientes da América Latina, 31 de Portugal e de demais países. São recebidos em média 400 alunos de graduação na área da saúde ao ano, sendo mais de 80% da área médica e enfermagem.
Aqui, estudantes de medicina da UNIFESP, do 3º ao 6º ano cumprem parte de sua grade curricular e participam ativamente das atividades assistenciais e didáticas, tendo a oportunidade de conviver com a equipe multiprofissional, além do contato com residentes e pós-graduandos.
A pesquisa acadêmica, supervisionada pelo NEP, tem um importante destaque na instituição. De 2013 a 2020, foram apresentados mais de 470 trabalhos em congressos, sendo 131 em congressos internacionais.
Na área de pesquisa clínica, o Hrim se destaca nos testes realizados com terapias inovadoras, principalmente aquelas que visam a melhoria da qualidade de vida do paciente transplantado.
De 1998 a 2019 foram realizados 89 estudos clínicos no Centro de Pesquisa Clínica, sendo 60 deles patrocinados e 29 estudos de iniciativa da instituição. Já fizeram parte da equipe da Pesquisa Clínica 130 estagiários, das mais diversas áreas.